北葉 I 遺址考古試掘
北葉 I 遺址位於屏東內埔，國立自然科學博物館於 2016 年試掘，發現豐富史前文化層，出土石器、陶器、石板棺墓葬及石列建築遺跡，皆屬北葉文化。其年代約距今 2300 至 1500 年，與卑南文化及三和文化關係密切。
臺中市南區番婆庄遺址
番婆庄遺址位於臺中市南區樹德里，臺中捷運大慶站北側。2013 年由國立自然科學博物館的屈慧麗博士調查發現，2025 年科博館受託發掘大慶段 288 地號土地，由劉克竑擔任計畫主持人。
考古番仔園文化 – 尋找中部平埔族的祖先
國立自然科學博物館於 2025 年 4 月 30 日在第一特展室推出「考古番仔園文化 – 尋找中部平埔族的祖先」特展，展期 10 個月。內容包括番仔園文化、使用的器物、吃的食物、穿的服飾、住的房屋、埋葬的形式，以及他們與中部平埔族的關係。
鹿寮遺址新出土的狗獾下顎骨
2023 年，科博館的考古隊發掘臺中市沙鹿區鹿寮遺址，在第 2 號灰坑內，發現了許多狗獾的下顎骨，至少屬於 10 隻以上的狗獾。奇怪的是，不見身體其他部位的骨頭。此外，這些狗獾下顎骨的保存相當完整，而且在灰坑內出土的位置相近。
番仔園文化的陶容器
番仔園文化是臺灣中部地區重要的史前文化，屬於距今約 1600 至 400 年前的金石並用時代，是中部地區平埔族群的祖先。陶容器包括日常用的罐、甑、缽、蓋、缸、瓢等器型，也有少數儀式性陶器。
龍泉村遺址的史前墓葬
2021 年 – 2023 年科博館考古隊搶救發掘龍泉村遺址，共發掘 124 個 2 m × 2 m 的探坑，共挖到 6 具墓葬，其中有 2 具俯身葬、 3 具仰身葬，及 1 具無法判斷葬姿的幼兒，應該都屬於番仔園文化人，由密集排列的柱洞，判斷當初可能都葬在家屋旁邊。