隨著史前人類進入新石器時代，人畜共存使得傳染病發生的頻率變多。針對史前流行病的判斷較為困難，以往學者只能從已發掘的考古遺址，特別針對出土遺跡和墓葬異常的現象判斷。近年來科學技術如DNA檢驗的快速發展，讓科學家也可以從人類遺骸中獲取古代傳染病的病原體基因組，這提供新管道讓人們能從實證的角度探究古代傳染病的起源與傳播。

南勢坑遺址位於臺中市沙鹿區南勢里自由路一帶，國立自然科學博物館曾在此地進行了6次發掘，本文試著復原南勢坑人的生活。南勢坑遺址是一個史前聚落，年代約在距今1100〜400年之間，位置在大肚臺地西側的緩坡上，背倚大肚臺地，面對清水海岸平原，周圍生態資源十分豐富。南勢坑遺址的居民是平埔族拍瀑拉族的祖先，屬於番仔園文化鹿寮類型。這個遺址應該是沙轆社社域南端的一個小聚落。南勢坑遺址有許多灰坑，出土大量的陶容器破片、貝殼、獸骨，也有零星的鐵器、陶紡輪、骨角器或裝飾品。居民的工具以鐵器為主，應該是向臺灣北部沿海族群，以及漢人的商人或漁民交易得來的，婦女種植稻米、紡線織布，男人打獵，以維持生計。

2018年年底，本館在臺中市豐樂公園西南邊的一處大型建案開發工地，進行了搶救考古發掘調查。這次的調查當中，驚喜的發現了史前時代的木質遺留和植物種子遺留的堆積。這個發現，幫助我們能夠深入了解史前時代的植物相與環境，認識到史前人生活週遭的生態資源。

清水．中社遺址在台臺中市清水區，2018年12月至2019年8月，國立自然科學博物館的考古隊，在這裡的一處建築預定地挖掘出土許多清代到日治時代的陶瓷器。