APG （Angiosperm Phylogeny Group） system是被子植物親緣分類系統的簡稱，從 1998 年發表到 2016 年經過 3 次修訂。這假說被提出之後的近 10 年，已經逐漸被分類學者採用。根據這個分類系統，很多原本台灣植物誌所定義的科，產生很大的改變。舉例來說，臺灣產的玄參科植物原記載有 25 個屬約 70 種，但現在根據 APG 系統，變成分別屬於 7 個科，除了原本的玄參科，還有移到列當科、車前科、母草科，蠅毒草科、通泉草科和泡桐科。