國立自然科學博物館植物園的設計，主要是以臺灣各地低海拔植物為戶外展示重點，同時在熱帶雨林溫室中，蒐集了國外的雨林物種，且設立特展室不定期推出展覽，增加植物園的展示及教育功能。