海底峽谷是陸上沉積物搬運到深海的重要管道，可同時傳輸有機物質及營養鹽到深海，成為底棲生物多樣性和生物量的熱點。臺灣周圍的 13 條底峽谷中有7 條海底峽谷仍然與海岸相連，以及5條海底峽谷仍能與陸上河流相連，遠高於世界的平均數。